Agro-Gentechnik beinhaltet die gentechnische Manipulation von pflanzlichen (und seltener auch tierischen) Organismen. Dabei werden meist artfremde Genabschnitte übertragen, um so bestimmte Effekte, welche die Genabschnitte in ihrem ursprünglichen Umfeld erzeugen, zu übertragen (Beispiel: Gene für Insektengift aus Bacillus thuringiensis sollen bestimmte Schädlinge unschädlich machen).
Die Genübertragung erfolgt dabei nicht gezielt, in der Regel kommt es dabei zu ungewollten Veränderungen im Erbgut der Pflanzen. Zudem muss die Aktivität der Gene künstlich erzwungen werden, da die Pflanzen sich gegen den Eingriff in das Erbgut „wehren“ und die neuen Genabschnitte still legen würden.
Nach neueren Forschungsergebnissen ist die natürliche Gen-Regulierung viel komplexer als bisher angenommen. Die gentechnische Manipulation von Pflanzen und Tieren muss vor diesem Hintergrund als ein systemwidriger Eingriff in das Genom angesehen werden, der mit kaum übersehbaren Risiken einhergeht. Es kann weder vorhergesagt werden, wie andere Gene in den Pflanzen in ihrer Aktivität verändert werden, noch wie sich die transgenen Organismen in verschiedenen Umwelten verhalten. Problematisch ist, dass die Ausbreitung von gentechnisch veränderten Pflanzen im Freiland kaum zu kontrollieren ist und dass Verbraucher auf vielen Ebenen mit den Produkten aus diesen Pflanzen in Berührung kommen.
Derzeit ist die Forschung und Risikoabschätzung im Bereich der Agro-Gentechnik weitgehend auf die Bedürfnisse der Industrie und die Förderung des Wirtschaftsstandorts Deutschland ausgerichtet. Das Konzept der Risikobewertung gentechnisch veränderter Pflanzen in der EU basieren auf veralteten Forschungsstandards. Die Möglichkeiten der betroffenen und interessierten Öffentlichkeit auf Inhalte, Ziele und Strukturen der Forschung (und deren Umfeld) und Anwendung Einfluss zu nehmen, sind bisher zu wenig entwickelt bzw. gar nicht vorhanden. Angesichts der möglichen massiven Verbreitung gentechnisch veränderter Organismen als Saatgut, Lebens- und Futtermittel oder Biomasse ergibt sich ein hohes Schutzbedürfnis von Umwelt und Verbrauchern. Aus diesem Grund kommt einer unabhängigen und transparenten Begleitforschung im Bereich der Agro-Gentechnik eine große gesellschaftliche Bedeutung zu.
Problematisch sind auch die Kosten für die Folgen Agro-Gentechnik, die von der Industrie auf andere abgewälzt werden. Zu diesen Kosten gehören steigende Saatgutpreise, Folgeschäden von Kontaminationen und laufende Aufwendungen für Reinhaltung von Ernte, Saatgut, Lebens- und Futtermittel.
In ihrem technischen Potential bleibt die Agro-Gentechnik bisher weit hinter den ursprünglichen Erwartungen zurück. Weit über 90 Prozent aller weltweit angebauten Pflanzen sind entweder tolerant gegenüber Unkrautvernichtungsmitteln oder produzieren selbst Insektengifte. Dagegen werden die eigentlich wichtigen züchterischen Ziele wie höherer Ertrag, Toleranz gegenüber Klimaeinflüssen und Krankheiten mit konventioneller Züchtung viel effektiver und erfolgreicher umgesetzt.
Insgesamt erscheint die Agro-Gentechnik in ihren Risiken nach wie vor kaum abschätzbar, in ihrer Entwicklung und Anwendung zu teuer und in ihrer Produktvielfalt beschränkt. Vor diesem Hintergrund ist dem Einsatz der konventionellen Züchtung eindeutig der Vorzug zu geben.