Es gibt grundlegende Unterschiede zwischen Genome Editing und der in der konventionellen Pflanzenzüchtung eingesetzten Mutagenese. Diese sind auch für die Risikobewertung und die Unterscheidbarkeit bzw. Identifikation der veränderten Pflanzen wichtig. Beispielsweise hinterlassen die Verfahren des Genome Editing in der Regel einen spezifischen Fingerabdruck im Erbgut. Er ermöglicht nicht nur eine Identifizierung der damit veränderten Pflanzen, sondern ist auch für die Risikobewertung relevant. Die wichtigsten Unterschiede zwischen Genome Editing und Mutagenese werden in der folgenden Tabelle zusammengefasst.